《煤炭法》和《煤炭生產許可證管理辦法》授權煤炭管理部門負責煤炭生產許可證頒發管理工作，其背景主要是為了加強煤炭行業管理，賦予煤炭管理部門必要的行業管理手段。當時的各級煤炭管理部門負責行業管理但未完全實行政企分開，既管生產又管安全。因為煤炭生產許可主要是為解決小煤礦非法開辦、亂采濫挖、嚴重破壞煤炭資源的問題而設定的，所以有關法律、行政法規對煤礦企業主要是規范其生產條件，安全條件很少并且比較原則。煤炭生產許可制度實施十年來，在建立正常的煤炭生產秩序、規范煤炭安全生產等方面發揮了重要作用。但是，目前全國的煤礦安全狀況和監管體制已經發生較大變化，由于兩部法律、行政法規制定的年代較遠，僅靠煤炭生產許可制度已經難以解決當前煤礦企業安全生產準入方面存在的突出問題，難以適應社會主義市場經濟體制對安全生產的新要求。因此，對煤礦企業的安全生產監督管理也必須實行制度創新，在煤礦企業實施安全生產許可制度。
　　自2000年1月10日國家煤礦安全監察局掛牌組建以來，國家已經建立了專門負責煤礦安全監察和行政執法的三級煤礦安全監察機構，原國家煤炭工業局不復存在。2003年3月十屆全國人大批準了國務院機構改革方案，撤銷國家經濟貿易委員會，將由其管理的國家煤礦安全監察局改為國務院直屬機構。國務院將原由國家經貿委負責頒發管理煤炭生產許可證和煤炭行業管理等職責劃至新組建的國家發展與改革委員會，而國家發改委的“三定方案”中卻沒有煤礦安全生產監督管理的職責。國家考慮到煤炭生產許可制度及其規定的安全條件已經不能滿足嚴格安全生產準入的需要，應當加強對煤礦安全生產條件的規范，強化煤礦安全監察機構的監督管理手段，決定依法另設安全生產許可制度。這就是說，對煤礦企業同時實行安全生產許可與煤炭生產許可兩種行政許可制度是必要的，兩者的目的一致，互為補充。為了使兩種行政許可制度有序銜接，《安全生產許可證條例》第七條第二款規定：“煤礦企業應當以礦（井）為單位，在申請領取煤炭生產許可證前，依照本條例的規定取得安全生產許可證”。作為安全生產許可制度與煤炭生產許可制度的銜接性規定，應當注意三個問題：

　　一是將安全條件作為煤礦生產的前置條件，安全生產行政許可是取得煤炭生產許可的前置性許可。依照《礦產資源法》與《煤炭法》的有關規定，煤礦企業取得采礦許可證之后即可進行煤礦建設；煤礦建成投產前經煤炭管理部門驗收合格并頒發煤炭生產許可證后，即可正式投產。煤炭生產許可證的許可事項是賦予煤礦從事煤炭生產活動的權利，煤炭生產許可證是煤礦取得生產資格的法定憑證。安全生產許可證的許可事項是賦予煤礦保障安全生產的權利，安全生產許可證是煤礦取得安全資格的法定憑證。兩者許可的事項不同，被許可人獲得的權利不同。依照《安全生產許可證條例》的規定，煤礦企業進行生產前，必須先取得安全生產許可證，才能取得煤炭生產許可證。對不具備安全生產條件、未依法取得安全生產許可證的煤礦企業，煤炭管理部門不得頒發煤炭生產許可證，不得準其生產。

　　二是明確了安全生產許可證與煤炭生產許可證的發證時序。只對煤礦企業設定了雙重行政許可還不夠，必須明確兩種許可證發證的程序與時間的前后銜接。依照《安全生產許可證條例》第七條第二款的規定，安全生產許可證頒發在先，煤炭生產許可證頒發在后，時序不能顛倒。

　　三是安全生產許可證與煤炭生產許可證的發證對象是一致的。煤炭生產許可證的發證對象既包括具有法人資格的煤礦企業，又包括煤礦企業所屬的煤礦和礦井（即一礦一井一證）。煤礦的安全生產條件與生產條件密切相關，必須將兩者有機結合，做到兩種行政許可制度發證對象的統一。所以，《安全生產許可證條例》第七條第二款規定煤礦企業及其所屬礦井作為發證對象，都要依法申請領取安全生產許可證。兩種許可證發證對象的一致性，有利于煤礦安全監察機構和煤炭管理部門密切配合，齊抓共管，依法建立穩定的煤炭安全生產秩序。