環境管理體系文件結構化設置的每一層次均應發揮其各自的功能和作用。

　　環境管理手冊是用來闡明組織的環境方針，提供重大環境因素、目標指標方案、適用法律法規，明確環境管理組織機構與職責，簡要描述17個體系要素和它們之間的相互關系，是組織環境管理體系的高度概況，為環境管理工作提供指南及綱領，使得體系保持相對穩定性。將其提供給中高層管理者可以明確體系概貌、各部門的職責及相互關系，以便統一分工及協調管理；將其用于內部審核或外部審核，可以使審核人員抓住體系的要旨和脈絡；手冊還為體系文件提供總體的指南及索引；部分企業也將手冊提供給相關方，向社會宣傳企業的環境管理工作及業績。

　　程序文件應包含環境管理體系中一個邏輯上相對獨立的內容，可以是環境管理體系的一個要素（如信息交流程序）或要素中的一個部分（如環境因素識別程序）或幾個環境管理體系要素相互關聯的一組活動（如廢棄物管理程序），為其規定控制要點，使體系中該方面的活動處于程序化、文件化的受控狀態，這就避免了由于缺乏文件化管理而造成的經驗主義，偶然得失，使得要做的工作具體而明確，程序文件可以看作是企業內部強制執行的法規性文件，程序文件是手冊的支持性文件。

　　作業指導書側重于對操作性崗位或某一局部活動的規定，可以分為管理操作式和崗位工藝流程分解式，它是對程序文件的展開、補充及細化，一個程序文件可以有若干個作業指導書來支持。

　　記錄為環境管理體系提供見證性和可追溯性。

　　以上各級文件應給出相應下級文件的路徑來，比如手冊應給出程序文件的路徑，程序文件應給出相應作業指導書的路徑，手冊、程序文件、作業指導書可以分別給出記錄的路徑。

　　環境管理體系的文件化在體系的建立、運行和保持中起著舉足輕重的作用，這就要求組織在環境管理體系建立之初即對文件編寫工作給予足夠的重視，體系運行和維護階段不斷完善文件以適應變化的條件并履行持續改進的承諾，同時記錄下來體系實施和運行的重要信息，為環境管理體系的運行提供依據和見證。