1. 氣瓶：氣相色譜儀和總有機碳儀，使用高壓氣瓶，移動過程中可能碰損；管路過長，使用年限較久，存在破損漏氣隱患。
2. 儀器:部分液相儀器接地不良，偶爾有靜電。
3. 進樣針頭、注射器針頭，使用頻繁，可能產生扎傷，針頭中的殘留物可能引起過敏或中毒。
4. 色譜室抽氣裝置年限較久，維護不到位有可能掉落傷人。
5. 使用有機溶劑較多，無有效檢測手段，有職業病風險。
6. 特殊樣品，MSDS培訓不夠，存在傷害。如基因毒性樣品。
7. 試劑品種多，對化學品特性不熟，使用操作過程中有一定風險。
8. 取樣防護意識不夠，培訓不到位，防護用品不足或者不適用，易產生人身傷害，或嚴重物料安全事故。
9. 勞動操作防護不到位，有酸、堿、有機溶劑等傷害。
10. 有24小時運轉的帶電設備，包氣相色譜儀、液相色譜儀、培養箱、冰箱、穩定性試驗箱和空調機組等，存在電器安全風險。
11. 人員獨立操作時，出現狀況時不能及時發現。包括檢驗、無菌取樣
12. 壓力蒸汽滅菌器
A、滅菌中途缺水時，打開滅菌器蓋子，補水，易造成爆瓶，有嚴重爆炸傷害風險。
B、在工作期間溫度太高，又是全不銹鋼材質，易造成燙傷。
C、滅菌器是有一定壓力的，有發生爆炸風險。
13. 高速旋轉軋蓋機：
設備轉速很快，老舊，在運行過程中經常有卡蓋的現象，或者刀頭不轉，要人手去搬動一下才能轉動，易發生刀頭傷人事故。
14. 潔凈室用酒精燈：
無菌檢驗要用75%酒精消毒、也必須使用酒精燈，超凈臺空間有限，且無菌、陽性操作都要在酒精燈附近進行，同時有潔凈工作臺的循環風影響，易產生燒傷。
發生過酒精燈的瓶子燒裂造成火災的事故。