為了合理有效的處置微生物實驗廢棄物，避免環境污染及廢棄物對人體的傷害，保護實驗人員安全，制定該微生物實驗室廢棄物管理制度。
1. 廢棄物是指將要丟棄的所有物品。廢棄物處理的首要原則是所有有潛在生物危害的材料必須在實驗室內清除污染、高壓滅菌或焚燒。
2. 一般固體廢棄物如無回收利用價值可直接丟棄在垃圾桶內。
3. 一般液體廢棄物如無回收利用價值并無可燃性揮發物時可直接通過下水道排放。
4. 操作任何有潛在生物危害的廢棄物時，必須穿戴手套、口罩和防護服。
5. 所有收集有潛在生物危害的廢棄物的容器都應有“生物危害”標志。
6. 所有廢棄物塑料袋或容器中盛裝的廢棄物不應超過總容量的3/4。
7. 液體性有潛在生物危害的廢棄物，應確保容器無泄漏。
8. 對于有多種成份混和的廢棄物，應按危害等級較高者處理。
9. 所有有潛在生物危害的廢棄物在丟棄前均需消毒。消毒方法首選高壓蒸汽滅菌，其次為2000 mg/L有效氯消毒液浸泡消毒。
10. 每日的有潛在生物危害的廢棄物、設備和玻璃器皿均通過高壓蒸汽滅菌去除污染。處理過程應保證在121℃進行，時間20-30分鐘。
11. 任何高壓滅菌后重復使用的玻璃器皿不應事先清洗，任何必要的清洗、修復必須在高壓滅菌或消毒后進行。
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