（一）復查程序：復查工作分為企業自查，省、自治區、直轄市、計劃單列市化工廳（局、公司）組織復查，化學工業部環保辦公室核查三個階段進行。
１．企業要按照清潔文明工廠六條標準認真進行自查，實事求是地寫出書面自檢材料，并填寫《清潔文明工廠復查申請表》（見附件一）、《“三廢”治理情況表》（見附件二）一并上報化工主管部門申請復查。
２．各省、自治區、直轄市、計劃單列市化工廳（局、公司）負責組織對本地區的清潔文明工廠進行全面復查工作。復查結果分為三檔，一是合格，二是基本合格需整改，三是不合格。填寫《清潔文明工廠復查情況分類表》（見附件三）并寫出復查總結材料，上述總結材料和表格連同企業填報的《清潔文明工廠復查申請表》、《“三廢”治理情況表》及總結材料，原始監測數據一并上報化學工業部環保辦公室核查。
３．化學工業部環保辦公室對各地上報的清潔文明工廠復查材料進行核查，視具體情況，對部分特殊企業組織省、市化工部門相互交叉檢查或抽查，對確實合格的企業，發給《清潔文明工廠合格證書》。基本合格但需整改的企業不發給合格證書，待整改完成后全部合格，再核發合格證書。
（二）復查內容
１．檢查企業排放的主要污染源是否全部做到達標排放是檢查的重點。必須對照《化工行業主要污染源治理要求表》所規定的內容，逐項進行現場檢查，核對監測數據。有一個項目存在問題，不算合格。
２．對企業設備管道及生產現場進行全面檢查。要求設備管道必須保持整潔，軸見光，設備見本色，溝見底，廠房、墻壁、窗戶無積塵，生產現場見不到臟亂差現象。設備完好率在９５％以上、泄漏率在０．５％以下，在現場看不到地面有積水（不該積水的地方）、物料等。沒有惡臭等異常氣味。如發現有與上述要求不符之一者，不算合格。
３．檢查“三廢”綜合利用。凡是國內同行業已綜合利用的“三廢”必須綜合利用，不能利用的廢渣必須妥善堆放，不造成二次污染。能利用的“三廢”資源回收利用率達８０％以上，能利用和余熱利用率達７７０％以上，生產用水（以可循環利用量計）循環利用率長江以北地區達６５％以上，其他地區５０％以上，對“三廢”綜合利用情況，檢查時要核對生產統計臺帳和銷售財務帳目，以帳目所列實際數字為準，不能企業說個什么數字就認可。凡是綜合利用達不到以上要求，不算合格。
４．檢查車間廠房內外，廠區和生活區大氣中的有害物質、粉塵濃度是否符合《工業企業設計衛生標準》，必須進行現場勘察，核地監測數據；檢查車間和作業場所的噪聲是否符合《工業噪音衛生標準》，必須在現場進行實測。車間和作業場所空氣中有害物質的濃度應有９５％以上監測點達到國家工業衛生標準，９５％以上噪聲監測點達到工業噪聲衛生標準。職業中毒發病率控制在０．５％以下；消滅中毒死亡和多人中毒。達不到上述要求不算合格。
５．檢查廠區環境，要求環境優美。廠前區和廠后區一個樣，綠化面積（指可綠化面積）達７０％以上。馬路清潔，空地平坦無垃極，堆放的產品、器材、包裝空桶等物排列整齊。凡是上述要求有一項不符合要求，不算合格。
６．檢查發現１９８９年發生重大環境污染事故的，年度內污染事故罰款合計在萬元以上的，擾民嚴重的三類企業，應撤消清潔文明工廠稱號。
７．環境管理機構必須健全。大中型企業應設環保處（科）和監測站（組），配備能適應開展工作的人員。其他化工企業也要配備適當的環保管理和環境監測人員。各項環境管理規章制度必須齊全，并能嚴格執行。所有環保裝置能正常運轉，與生產裝置同時開、停車。企業在實行經濟承包責任制中。對廠長任期有環保責任目標，并完成情況較好。
（三）復查“清潔文明工廠”的企業，有關“三廢”治理排放的污染物是否達到規定的要求，除考核企業自行測定的數據外，還必須有化工系統二級環境監測站或地方環保部門測定的數據進行驗證。驗證監測數據是否可靠應與治理情況對應檢查，避免弄虛作假。
（四）需要限期整改的企業，取長整改期限為１年。在整改期間內不得申請進入“六好企業”和國家級企業，并停止使用清潔文明工廠的稱號。經過整改到期向化工主管部門申請驗收，驗收仍達不到要求的，取消清潔文明工廠稱號。
（五）經復查取消清潔文明工廠稱號的企業，若已獲得“六好企業”或國家一、二級企業稱號，要同時取消“六好企業”稱號，并上報國家有關部門建議取消國家一、二級企業稱號。
（六）“清潔文明工廠”復查工作由省、自治區、直轄市、計劃單列市化工廳（局、公司）組織進行。
（七）各省、自治區、直轄市、計劃單列市化工廳（局、公司）組織復查清潔文明工廠要由主管環保工作的廳（局）長親自負責把關，指定精通環保業務、秉公辦事、為政清廉的同志辦理。在復查過程中，一定要堅持高標準，嚴要求，嚴格按部頒清潔文明工廠六條標準及實施細則和復查辦法逐項檢查，合格一個，通過一個。不得起過場，更不得以任何借口降低標準，搞突擊驗收或通過復查。
附件：一、清潔文明工廠復查申請表（略）
二、“三廢”治理情況表（略）
三、清潔文明工廠復查情況分類表（略）
三、清潔文明工廠復查情況分類表（略）