水庫是人類對于河川徑流調節的一種手段，其在防洪發電、航運灌溉等方面起著重要的作用。但同時也對庫區生態環境產生不可避免的影響，對庫區的水環境安全進行合理評價，及時發現系統問題，對庫區生態系統的健康維持與發展有著重要意義。本文以三峽庫區為研究對象，結合國內外對水環境安全的研究進展，采用層次分析法（AHP）與主成分分析法（PCA）相結合的度量模型，最大程度的利用評價指標體系中指標的屬性值計算各指標的權重系數與主成分值，客觀且定量的對三峽庫區的水環境安全狀況進行評價，得出庫區大部分地區水環境安全狀況均處于亞健康與受損害狀態，結合可持續發展的理念，對需要保護和修復的區域提出相應的保障措施。