由于動態供應鏈具有組成企業的動態性、地理分布性、系統管理的復雜性和蘊含高風險性等特點，動態供應鏈管理系統的風險管理就顯得尤為重要。動態供應鏈管理系統的風險管理包含三個過程：風險評估、風險減緩、系統檢測與再評估。風險管理的目的是為了減緩風險。通過安全控制可以達到降低風險的目的，動態供應鏈管理系統安全控制包括三方面內容：技術類安全控制、管理類安全控制和操作類安全控制。