添加是防止冷卻(凍)水系統細菌滋生的最有效的方式。殺菌劑有氧化性和非氧化性兩種。氧化性殺菌劑主要有氯、次氯酸鈉(鈣)、優氯凈等。它們經濟實用，但有刺激性氣味，溶解迅速，受pH值限制、易受水中還原性物質的影響。

      非氧化性殺菌劑常用的主要有季銨鹽類(潔爾滅和新潔爾滅)、二硫氰基甲烷、戊二醛、4一異噻唑啉一3一酮等。季銨鹽類用量為100～200mg/L(質量分數40％的產品)；二硫氰基甲烷用量10—25mg/L；戊二醛使用濃度為20～50mg/L；4一異噻唑啉一3一酮用量20～100mg/L。目前，殺菌劑使用正向安全、環保、高效的方向發展，比如鹵代海因，三溴氮川酰胺(DBNPA)等。殺菌劑的添加往往采用沖擊加藥的方式。為防止產生抗藥性，可把氧化性藥劑和非氧化性藥劑交替在一個系統使用。殺菌劑復配增效是近年來的一個發展方向。這種藥劑一般都是由一種表面活性劑和一種高效殺菌劑組成，比如SQ8就是二硫氰基甲烷與其它溶劑復配的產品。但也有使用幾種殺菌劑復合而成的。比如幾種季銨鹽復配的TS一802，幾種有機硫化物復配的AB一12。使用復合藥劑既可利用相互之間的增效作用而降低藥劑的使用濃度，也可增加藥劑的廣譜性，防止微生物的滋生和抗藥性的產生。